為構建“健康進家庭、小病在基層、大病到醫院、康復回基層”的醫療新格局，紫陽縣充分利用新農合政策杠桿作用，推動分級診療制度運行。
在引導參合農民科學理性選擇醫療機構就診、構建分級診療的良性診療秩序方面，該縣在新農合補償政策上進行了明確規定和合理調整。一是強化基層首診意識，實行技術轉診制度。規范技術轉診相關規定，凡前往縣外省、市級新農合定點醫院住院治療的參合患者，都必須辦理轉診審批手續，方可享受新農合正常報銷。不符合轉診條件自行到省市新農合定點醫院住院就診的患者，按該醫院新農合補償標準下浮10%后予以報銷；二是調整分級補償標準。為引導參合農民充分利用基層醫療衛生資源，對市級定點醫院起付線進行微調，以充分發揮報銷政策的引導作用。鎮級醫院起付線100元，報銷比例90%。縣級醫院起付線300元，報銷比例80%。市三級醫院起付線1800元，報銷比例60%，市二級醫院起付線1000元，報銷比例70%。省三級醫院起付線3000元，報銷比例55%，省二級醫院起付線2000元，報銷比例55%。
